Créer le 1er atlas mondial du cerveau de la seiche en 3D !
Ce projet est porté par Cécile Bellanger et Christelle Jozet-Alves de l’UMR EthoS 6552 Ethologie Animale et Humaine : Unité Mixte de Recherche à triple tutelle : CNRS – université de Caen Normandie – université de Rennes
Quel est le contexte et quels sont les besoins identifiés ?
De nombreuses espèces, notamment celles utilisées en sciences cliniques (souris, rat, poisson zèbre…), ont désormais leur atlas anatomique entièrement digital, constituant un outil éducatif accessible et essentiel, tout en harmonisant les résultats de laboratoires du monde entier grâce à un référentiel commun. Cet outil rend ainsi directement comparables et accessibles les modifications biologiques (zones du cerveau activées, protéines produites, changements morphologiques…) engendrées par des expériences comportementales ou pharmacologiques diverses. Ces atlas informatisés permettent de plus une analyse automatique des cerveaux imagés en 3D, évitant le détourage et comptage manuels longs et imprécis, accélérant grandement le progrès des connaissances en neurosciences.
Un tel outil de partage scientifique et support technique n’existe pas encore pour les céphalopodes. Il permettrait la progression des analyses neurocomportementales sur ces espèces qui ont participé à l’essor des neurosciences. Il serait notamment utilisé pour explorer les zones cérébrales engagées dans diverses tâches d’apprentissage et de mémorisation, permettant d’approfondir la compréhension du traitement des informations complexes par des organismes dont le cerveau diffère grandement de celui des vertébrés. De telles analyses, pour le moment fastidieuses et isolées sans outil adéquat, requièrent ainsi le développement d’un atlas anatomique digital.
En quoi consiste le projet SOFF ATLAS?
Ce projet vise à élaborer et mettre à disposition du grand public et des chercheurs un atlas digital du cerveau d’un mollusque céphalopode, la seiche commune, qui est devenue au cours de la dernière décennie un modèle incontournable dans les domaines des neurosciences, de la biologie évolutive ou encore de l’écotoxicologie. La cartographie du cerveau sera réalisée en microscopie à feuille de lumière (technique permettant d’imager en 3 dimensions des tissus préalablement rendus transparents). Cet atlas interactif porté par l’université de Caen Normandie permettra de visualiser l’anatomie, les types cellulaires et des protéines d’intérêt, ce qui offrira l’opportunité à des chercheurs d’analyser leurs propres données sur un référentiel international commun.
Quel est l’objectif du projet ?
L’objectif sera de créer une cartographie du cerveau de la seiche commune Sepia officinalis, espèce aux capacités cognitives complexes qui joue un rôle économique et écologique clef dans les eaux Normandes. Cet atlas sera ensuite mis en ligne en accès libre (données sous licence CC BY-NC), ainsi à disposition des chercheurs des plus grandes universités au niveau international étudiant également cette espèce (ex : Institut Max Planck, université de Cambridge, université de Chicago…) pour visualiser, analyser et ajouter des informations.
Afin de mettre à disposition cet atlas évolutif, il apparaît, en parallèle du travail scientifique réalisé au sein de l’unité de recherche, de faire appel à un développeur dit full stack (développement front end pour la conception de l’interface utilisateur, et développement back end pour le développement des applications nécessaires).
Les partenaires du projet
- Projet COMETT (ANR-18-CE02-0002) 2018-2023
- Projet RedPol (InterReg France-Manche-Angleterre) 2020-2023
- Projet SEPIAspeak (ERC Booster, programme CAESAR UniCaen) 2025-2027
- PRIMACEN (Plateforme de Recherche en imagerie cellulaire de Normandie), université de Rouen Normandie
- La Fondation 1432 | université de Caen Normandie
Le montant global du projet est de 62 000€
Financement du projet SOFF ATLAS par la Fondation 1432 : 22 500€
